Академический институт в г. Биробиджане был создан благодаря продолжительным совместным усилиям руководства Еврейской автономной области и Президиума Дальневосточного отделения АН СССР.
1 марта 1990 г. Президиум Академии наук СССР постановил организовать в городе Биробиджане Институт региональных системных исследований ДВО АН СССР. В этом же году Постановлением Совета Министров СССР от 26 мая 1990 года № 522 «О социально-экономическом и национально-культурном развитии Еврейской автономной области на период до 2000 года» было принято решение «о создании в 1990 году в городе Биробиджане Института комплексного анализа региональных проблем Дальневосточного отделения Академии наук СССР».
Новое научное учреждение было организовано на базе научных подразделений Института экономических исследований ДВО АН СССР (город Хабаровск). Директором-организатором стал д-р экон. наук П.А. Минакир, создавший на Дальнем Востоке авторитетную научную школу регионального экономического развития.
В 1992 г. директором ИКАРП ДВО АН СССР стал д-р геогр. наук Феликс Николаевич Рянский. Коллектив нового научного учреждения был сильно пополнен специалистами, которые перевелись сюда из Института экономических исследований ДВО АН СССР и Института тектоники и геофизики ДВО АН СССР (г. Хабаровск). Таким образом, с самого создания коллектив ИКАРПа стал формироваться из представителей разных наук. Несмотря на определенные трудности становления института, связанные с распадом СССР, в ноябре 1992 г. был принят Устав теперь уже Института комплексного анализа региональных проблем Дальневосточного отделения Российской академии наук. Под руководством Ф.Н. Рянского обсуждались концепция и программа его развития. В качестве основного объекта исследования ИКАРП ДВО РАН был определен регион «как целостная система в естественной органической связи и взаимодействии природных, экономических и социальных факторов». Главное место отводилось поиску путей и методов рационального природопользования.
В 1997 г. новым директором стал д-р геол.-минер. наук, проф., Заслуженный деятель науки РФ Анатолий Адольфович Врублевский. В это время сохраняется комплексность тематики института, и особое развитие получают работы геологической направленности.
С приходом в 2002 г. в Институт д-ра биол. наук, проф., чл.-корр. РАН Ефима Яковлевича Фрисмана на должность директора в организации произошли существенные изменения. ИКАРП ДВО РАН был трансформирован под модель классического академического научного учреждения с сочетанием фундаментальных исследований и прикладных работ. Под руководством Е.Я. Фрисмана в институте сформировался отдел Дальневосточной научной школы математического моделирования динамики биологических сообществ. Была организована лаборатория, занимающаяся вопросами видообразования, взаимодействия видов, формирования живых систем, в том числе с применением современных молекулярно-генетических методов. Был инициирован вопрос о необходимости создания лаборатории, в задачи которой входило бы изучение исторического наследия ЕАО и его места в культурно-историческом пространстве России.
В 2019 г. директором ИКАРП ДВО РАН стал канд. геогр. наук Денис Михайлович Фетисов.
В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р ИКАРП ДВО РАН был передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 15 мая 2018 г. № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 27 июня 2018 г. № 1293-р учредителем института стало Министерство науки и высшего образования Российской Федерации. При этом научная деятельность ИКАРП ДВО РАН находится под научно-методическим руководством Российской академии наук.
ИКАРП ДВО РАН, в соответствие с Уставом, выполняет исследования по двум научным направлениям:
Направление 1. Комплексный анализ и моделирование процессов развития природных и природно-хозяйственных территориальных систем;
Направление 2. Изучение характера взаимодействия природы и общества в региональных системах.
В институте в рамках двух отделов действует 5 научных подразделений:
Отдел естественнонаучных исследований
– Лаборатория геологических и геоэкологических исследований
– Лаборатория математического моделирования популяционных и экологических систем
– Лаборатория экологии, генетики и эволюции
Отдел общественнонаучных исследований
– Лаборатория региональных социально-экономических систем
– Научно-просветительский центр изучения и сохранения исторического и культурного наследия Еврейской автономной области