В настоящее время в институте функционирует единственная в Еврейской автономной области научная библиотека. Основа фонда - это научная литература по разным направлениям – география, геология, геоэкология, биология, экология, математика и моделирование, экология, история, краеведение, экономика и социология.
Книги поступают по книгообмену из библиотек других институтов РАН, а также в дар от авторов и сотрудников Института.
Общий фонд научной литературы составляет около 7000 экземпляров. Библиотека плодотворно сотрудничает с Центральной научной библиотекой (г. Владивосток), Российской государственной библиотекой и областной универсальной научной библиотекой им. Шолом-Алейхема.
Посетить библиотеку и воспользоваться научной литературой может каждый. На данный момент услугами библиотеки активно пользуются сотрудники Института, школьники при написании ученических проектов и работ по краеведению, студенты для курсовых и дипломных работ, а также учителя и преподаватели.